Durante los siglos XVI y XVII, la Universidad de Alcalá se convirtió en el gran centro de excelencia académica: en sus aulas enseñaron y estudiaron grandes maestros como Nebrija, Tomás de Villanueva, Ginés de Sepúlveda, Ignacio de Loyola, Domingo de Soto, Ambrosio de Morales, Arias Montano, Juan de Mariana, Francisco Vallés de Covarrubias, Juan de la Cruz, Lope de Vega, Quevedo, etc. El prestigio de sus estudios así como de sus maestros la convirtió muy pronto en el modelo sobre el que se constituyeron las nuevas Universidades en América.